Il percorso di elaborazione e approvazione dei Piani di gestione ben delineato dalla Direttiva 2000/60/CE e dal D.Lgs. 3 aprile 2006, n. 152.
Infatti l’art. 14 della Direttiva 2000/60/CE prevede che gli Stati membri promuovano la partecipazione attiva di tutte le parti interessate all’attuazione della direttiva medesima, ed in particolare all’elaborazione, al riesame ed all’aggiornamento del Piano di Gestione. A tal fine, per ciascun bacino devono essere pubblicati e resi disponibili per eventuali osservazioni del pubblico, inclusi gli utenti:  il calendario e il programma di lavoro per la presentazione del piano, inclusa una dichiarazione delle misure consultive; una valutazione globale provvisoria dei problemi di gestione delle acque importanti, identificati per bacino idrografico; copie del progetto del Piano di Gestione del bacino idrografico.

Inoltre, su richiesta, può essere autorizzato l’accesso ai documenti di riferimento ed alle informazioni in base ai quali è stato elaborato il progetto del Piano di Gestione del bacino idrografico.
Il Piano di Gestione, in relazione ai propri specifici contenuti, deve anche essere sottoposto a valutazione ambientale strategica, secondo le procedure identificate nella parte seconda, Titolo II, del D.Lgs. 3 aprile 2006, n. 152.

Le fasi procedurali per l’applicazione della procedura di valutazione ambientale strategica possono così essere riassunte:

a) la fase di verifica di assoggettabilità (art. 12 – D.Lgs. 152/2006): in questa fase l’autorità procedente trasmette all’autorità competente, su supporto cartaceo ed informatico, un rapporto preliminare comprendente una descrizione del piano o programma e le informazioni e i dati necessari alla verifica degli impatti significativi sull’ambiente dell’attuazione del piano o programma; l’autorità competente, in collaborazione con l’Autorità procedente, individua i soggetti competenti in materia ambientale da consultare e trasmette loro il documento preliminare per acquisirne il parere;

b) la fase di elaborazione del rapporto ambientale: in questa fase, sulla base di un rapporto preliminare sui possibili impatti significativi dell’attuazione del piano, l’autorità procedente entra in consultazione con l’autorità competente (in questo caso è il Ministero dell’Ambiente e Tutela e del Territorio e del Mare) e gli altri soggetti competenti in materia ambientale, al fine di definire la portata ed il livello di dettaglio delle informazioni da includere nel rapporto ambientale che costituisce parte integrante del piano e ne accompagna l’intero processo di elaborazione ed approvazione; nel rapporto ambientale devono essere individuati, descritti e valutati gli impatti significativi che l’attuazione del piano potrebbe avere sull’ambiente e sul patrimonio culturale nonché le ragionevoli alternative che possono adottarsi in considerazione degli obiettivi e dell'ambito territoriale del piano stesso; la proposta di piano, il rapporto ambientale ed una sintesi non tecnica dello stesso sono tramessi all'autorità competente e messi a disposizione dei soggetti competenti in materia ambientale e del pubblico interessato affinchè questi abbiano l'opportunità di esprimersi;

c) la fase di svolgimento di consultazioni: in questa fase chiunque può prendere visione della proposta di piano e del relativo rapporto ambientale e presentare proprie osservazioni, anche fornendo nuovi o ulteriori elementi conoscitivi e valutativi;

d) la fase di valutazione del rapporto ambientale e gli esiti delle consultazioni: in questa fase l'autorità competente, in collaborazione con l'autorità procedente, svolge le attività tecnico-istruttorie, acquisisce e valuta tutta la documentazione presentata, nonché le osservazioni, obiezioni e suggerimenti inoltrati ed esprime il proprio parere motivato; inoltre l'autorità procedente, in collaborazione con l'autorità competente, provvede, ove necessario, alla revisione del piano o programma alla luce del parere motivato espresso prima della presentazione del piano per l'adozione o approvazione.
e) la fase di decisione: il Piano di Gestione ed il rapporto ambientale, insieme con il parere motivato e la documentazione acquisita nell'ambito della consultazione, è trasmesso al Comitato istituzionale competente all'adozione o approvazione del piano;

f) la fase di informazione sulla decisione: la decisione finale è pubblicata nella Gazzetta Ufficiale o nel Bollettino ufficiale delle Regioni interessate con l'indicazione della sede ove si possa prendere visione del piano adottato e di tutta la documentazione oggetto dell'istruttoria. Sono inoltre rese pubbliche, anche attraverso la pubblicazione sui siti web delle autorità interessate il parere motivato espresso dall'autorità competente ed una dichiarazione di sintesi in cui si illustra in che modo le considerazioni ambientali sono state integrate nel piano e come si è tenuto conto del rapporto ambientale e degli esiti delle consultazioni, nonché le ragioni per le quali è stato scelto il piano adottato, alla luce delle alternative possibili che erano state individuate;

g) la fase di monitoraggio: il monitoraggio assicura il controllo sugli impatti significativi sull'ambiente derivanti dall'attuazione del piano approvato e la verifica del raggiungimento degli obiettivi di sostenibilità prefissati, così da individuare tempestivamente gli impatti negativi imprevisti e da adottare le opportune misure correttive. Il monitoraggio è effettuato avvalendosi del sistema delle Agenzie ambientali.